既然放弃了跟李自成媾和，崇祯天子下旨：外则由襄城伯李国桢主持，内则由提督寺人王承恩卖力，总督蓟辽王永吉节制各镇，俱听便宜行事，并发白银二十万两犒劳守城军民，崇祯天子信赖只要死守到吴三桂雄师入关，都城就会转危为安了。
三月十九日凌晨，兵部尚书张缙彦主动翻开正阳门，大顺军刘宗敏部进占内城，中午李自成毡笠缥衣乘乌骏马，在群臣的前护后拥下，由寺人王德化指导，从德胜门进城，经至承天门下，李自成弯弓指着“奉天承运”的门匾，对牛金星、宋献策两人道：“我若射中天字，必得一统。”
崇祯天子又召周皇后、袁贵妃，及太子永王、定王入宫，崇祯天子生有七子，长名慈瓖，已立为皇太子，次名慈焕，早殇，三名慈炯，封定王，这三子俱系周后所出；第四子名慈炤，封永王，五名慈焕，早殇，俱系田贵妃所出，另有第六第七两子，亦产自田妃，甫生即逝，此时髦存三子，崇祯天子叮嘱三子数语，即命内侍分送三人，往外戚周奎家躲藏。
在李自成攻破京师后，很多忠于明朝的文武大臣就义，就义的勋戚有：宣城伯时春、惠安伯张庆臻，新乐侯刘文炳、彰城侯杨崇猷、新城侯王国兴，少保驸马巩永固等；就义的大臣有：大学士范景文、尚书倪元璐、都御史李邦华、副都御史施邦曜、刑部侍郎孟兆祥、兵部侍郎王家彦、大理寺卿凌义渠、太常寺少卿吴麟征、右中允刘理顺、右谕德马世奇、户部给事中吴甘来、监察御史陈良谟、翰林院检验汪伟等数十人；这些勋戚大臣，大多是满门赴死，或吊颈、或投井、或*，非常惨烈；就义的寺人，除王承恩陪崇祯帝自缢外，另有李凤翔、张国元、高超等人。
杜勋朗声道：“我是杜勋，怕甚么祸祟，何必用质？”降贼杜勋有如此威势，曹化淳被惊呆了，因而命人把杜勋缒上，并跟杜勋私语了好多时，不过是曹化淳想投降李自成，以后杜勋大着胆量入了皇宫。
随后李自成命令大索天子皇后和定王，索得皇后尸身，经群贼从宫中舁出，皇后身著朝服，周身用线密缝，容色如生，李自成命用柳棺停放，不过没有找到崇祯天子和永王，惊骇崇祯天子和永王逃脱，会再次成为大顺军的敌手，因而命令凡能献崇祯天子、永王者，赏黄金千两，藏匿者则诛其百口，几十万大顺军也插手了寻觅崇祯天子和永王的行列。
直至二十二日，大顺军在紫禁城煤山发明了崇祯天子的尸体，其衣袖上写有两行墨书。一行称：“因失江山，无脸孔见祖宗，不敢终究正寝。”另一行称：“百官俱赴东宫行在。”，襟中留有遗诏，指血恍惚，约略可辨，语云：“朕凉德藐躬，上干天咎，致逆贼直逼京师，此皆诸臣误朕，朕死无脸孔见祖宗于地下。自去冠冕，以发覆面，任贼分裂朕尸，毋伤百姓一人。”李自成等这下才放下心来，心说天子已死，太子被擒，明朝至此气数已尽，不过李自成对永王搜索涓滴没有放松，以免有大明官员借永王再肇事端。