阿修罗主宰携（转轮盒）叛逃，胜利的开启第二层魔域的入口，第二层魔域正式入足武林。别的，第一层魔域另有一分支（拜邪教），厥后为第六殿的千里不留行所毁灭。
第二魔界三魅殿中的（灵魅殿）最早涉足武林，并礼聘聪明之星玉天玑为智囊，而着魔的儒释道三教始主亦为魔界所节制，三教式微，但玉天玑的高压手腕引发内部不满，形成魔魁之女、一花香、三灵魅等兵变，最后，血灵魔尊趁机摈除玉天玑，但此时灵魅殿兵力已大减，魔魁借非常女有身重生。
此时的魔界看似战役，实在却埋没澎湃，（天下第一人）下字人寒心牧剑子在出走魔界前所布下的封印石蠢蠢欲动，趁着世人忙于调查封印石之际，（天下第一人）人字人大愚先生巫残柳率兵攻入圣城，圣母亡，天魔跳崖，魔界顿时变天。
“我的目标很简朴，我就想晓得你们是但愿踏入真正的修仙界呢？还是在鳕灵大陆上等候妖灵古界的肝火！”屠云说完捏出几个指模身影消逝在原地。
第二层魔域首级为鬼帝，下有掌管魔脉之殿的地灵鬼母，以及专门培养菁英的（魔界学府），此时的第二魔界与灭竟邪灵和集境三股恶权势缔盟共同对抗正道，而代表魔域的鬼帝、代表灭竟邪灵的万魔天指、代表集境的武皇号称当时武林三大魔头，不过鬼帝有勇无谋，在智囊智多罗身后第二魔域便垂垂式微。
领袖恶魂暴鬼，下设六院十八殿，六院十八殿构造在剧中并没有完整尽出，六院只呈现阿修罗主宰掌管的（阿修罗道院）和六先知掌管的（鬼道院），此二院近似幕僚策划机构，十八殿只呈现阳间大法师掌管的第一殿，阴冥皇掌管的第二殿，暗中魔尊掌管的第三殿，此三殿分歧于二院备有兵力，但服从二院批示调剂。
圣母与玉骨冰心白无垢为挽救受控的天魔，与正道卧云先生初行雁等人合作，策划琴魔以无量琴与卧云先生以大悲三昧焦之琴促使佛魔合体分离，规复认识的天魔在刀剑双魔、琴魔以、白无垢和圣母的帮部下安定了蓝凿樨阴灵鬼王的反对权势，魔族再归一统。
（第二层魔域）的高层人士一开端并未现身，由智囊智多罗帮手阿修罗主宰，带领玄色十字军兵团（注：关于玄色十字会构造，比第一层魔域更早现身武林，其成员善于以节制民气的心灵术，领袖为五海之一的心海主宰静流君胞弟，在当时的玄色十字会被称为魔教。