当夜孔有德命令，登州城中除了留下千余人保护，其他一万二千多叛军及其家眷，乘坐百余艘大船，连同军火、枪炮等一应物件从水城北门，冒着明军反对的炮火，由海路突围而去。
十二日，宋光兰受施大勇拜托，劝降登州海军总兵官钱大刚，在获得过往之罪概不究查的承诺后，钱大刚领登州海军并战船一百四十八艘投降。
“放出几百叛军家眷去给孔有德报信，我们就在这登州城等着他来。”
“左良玉？”崇祯揣摩着，此人先援大凌河，后守锦州，都是有功的，且辽东来报，说锦州之战的首功者当是左良玉，这事是不是真的，尚不qīngchu。但有一点能够明白，这左良玉想来确是无能将材，要他去援救河南，当不致出错。念及此处，遂点头道：“要兵部调左良玉到河南去。”
曹变蛟建议当即攻打莱州的叛军，蒋万里和宋庆则分歧意，以为登州才刚拿下，还是先稳守得好。莱州城外的叛军兵马仍有好几万，锦州军新锐，但能战之兵也不过三千多，拿下登州幸运占了一多数，若不是守军空虚，凭锦州军的力量想拿下登州底子不成能。倒不如稳守登州，先消化下战利品，扩大分力，清算城防，等着叛军本身来送命就好。
水城既破，登州再无能战之兵，十一日、原登州道宋光兰、监军道王徵、登州知府吴维城、同知贾名杰、蓬莱知县宋诚等人杀死登州守将李国禄，献城锦州军。当天，锦州军入城，施大勇颁下“三不军令“不得杀一人，不得抢一人，不得烧一屋。
自此，用时十八个月孔有德兵变结束，但这场平叛战役，交兵两边都没有胜利，固然明朝停歇了兵变，并在太庙停止了昌大的献俘典礼，将李应元、毛承禄两个匪酋凌迟正法，算是给连战连败的帝国打了一针强心剂。但明朝的登莱两州，这个辽东火线的后勤练兵基地，被叛军捣了个稀巴烂，也给近在京畿的山东地区带来杀人十余万、残破三百里的恶果，并且数位朝廷封疆大吏和多量处所官员被杀。同时，兵变的两个首犯都没有就逮。而孔有德固然一度攻占了登州多座州县，但也没有实现他的自主为王武装盘据，与明朝分庭抗礼的构思，他终究沦为了汉奸，成为满清人的一条狗。最大的赢家就是满州，皇太极终究获得了梦寐以求的精美的西洋火炮，孔有德带来了起码二十门葡萄牙澳门造炮局原装的红夷大炮，今后不再害怕明朝的坚城，并且他们还获得了孔有德等由葡萄牙军事参谋所直接传授、弹药制造技术以及对准知识与仪器操纵的军事技术人才。在孔有德叛兵的弥补下，佟养性的汉军旗开端名符其来，孔有德的降金动员了一批人，今后，降金的明将开端越来越多，而大明的国力却不竭的消弱