在此期间，大勇率锦州军押着几万叛军回师登州。行至招远时，大勇亲身行刑将李九成和孔有德五马分尸，首级以铁盒呈之快马送往都城。
很快，以高起潜领衔，林清、金国臣、邓祀、王洪等人联名的奏表就快马飞奔进京了。
他们行了一起，争辩了一起。以额哲为首的派系一心想担当林丹汗遗志，重振大业，另一些被女真吓破胆的则主张归金。此时额哲血气方刚，对几个主降的大臣底子不予理睬，主降派只好鼓励额哲的生母苏泰太后。
“归金？！”
额哲吃了一惊，不吱声，低下头，未置可否。
对儿子交代完最后的话，林丹汗进入了昏倒状况，到了后半夜，咽下了最后一口气，年仅三十六岁。
额哲看着父汗瘦得脱了相的脸，禁不住失声痛哭。林丹汗吃力地作着临终嘱托，额哲一个劲地点头：“嗯、嗯，放心，儿臣记着了。”
皇太极决定远征察哈尔林丹汗后，传令归顺后金的蒙古各部速率部来会。四月，科尔沁、札鲁特、巴林、奈曼、敖汉、喀喇沁、土默特、阿鲁科尔沁、翁牛特、阿苏特等部的部长台吉会于西拉木伦河岸，总兵力约10万。四月下旬，皇太极带领雄师超出兴安岭，驻守都埒河。当夜，镶黄旗两个蒙前人偷马逃出，将雄师压境的动静陈述给林丹汗。林丹汗欲率部撤至漠北喀尔喀，但喀尔喀三汗与他反面。因而林丹汗带领所属10万之众，西奔库赫德尔苏，经呼和浩特，渡黄河达到鄂尔多斯。皇太极分兵三路穷追林丹汗41天，蒲月下旬进驻呼和浩特，得知林丹汗已南渡黄河而去。遂停止追击，经宣府、张家口返回。途中收拢了林丹汗所遗部众数万人。
请罪是请罪了，欺君之罪也认了下来，高起潜这注下得实在是太大，别的先不说，仅是这欺君之罪只怕也能让别人头落地了。但他恰好就不怕，因为他太体味紫禁城中年青的天子了。如果他在登莱一无所获，那这欺君之罪必定是坐实，天子一怒之下定会砍了本身。现在嘛，有平叛大功在手，天子千万不会治他这大功臣的。当然，让高起潜勇于自认欺君的最大原因怕还是文华殿那番争辩吧。为防万一，高起潜还是拿出几万两银子进京办理了，司礼掌印王德化必定是要办理好的，秉笔寺人王承恩也是不能落下，其他司礼监诸人连同天子身边的御前寺人也都是一个都不能落的。
作者注：此处林丹汗灭亡时候提早半年。