明朝在南京保持一套假造的当局班子，本来也有防备俄然事情的意义。此时北方大部分地区频遭兵燹，已经残破得几近没法清算，而长江以南却还根基上保持着比较稳定的局面，因此迁都南京确切是临时遁藏伤害，再从长计议的最好战略。
在这时候。崇祯天子还清算不了躲在通州大营的首辅周延儒，那就先清算周延儒的首号虎伥——吴昌时吧！
为了不让手眼通天的吴昌时获得动静，他没有把进犯吴昌时的劾疏发往内阁，因为怕内官见了也会走漏风声，劾疏就一向装在本身的袖子里，趁着身边没人才亲身批旨：立即将吴昌时除名，听候审判。
一朝权在手，吴昌时不由对劲失色起来，在京都的宦海上频繁活动，秉公纳贿，一面为朋友翅膀安排好职位，一面对结过夙仇的人痛下恨手。
何况此时恰是天下多事之秋。外转为处所官，天晓得会落个甚么了局。是以科道们全都不想被外转出去。按常例，每次科道外转都是给事中一人，御史两人，但这一次吴昌时偏要杀一杀言官们的威风，一下子外转了四个给事中和六个御史。大多数言官为此相称气愤，但当时吴昌时的背景太硬，只得哑忍。
气昏了头的崇祯天子命寺人对吴昌时用刑。阁臣蒋德暻、魏藻德抗议道：“朝廷殿陛之间，向来没有效刑的先例。请将吴昌时发送法司鞠问。”
这内里的事理，就连向来不过问政事的周皇后都很明白。传闻一次见到崇祯天子为国事危急闷闷不乐，她就提起过：“我们在南京另有一个家。”
此次审判一派杀气腾腾，内阁、五府、六部大臣以及京卿、科道官员全数被召入，崇祯天子身着素服角带，更是一副要杀人的气势，太子和定王也陪侍在身边。
崇祯天子在朝向来就有一个保守奥妙、慎之又慎的原则。最忌讳宫中与外间。内阁与部僚互通动静。常日里有关严峻事件的本章发往内阁，他都是亲身密封在黄绢小匣中，亲笔在封条上写好“某日某时送阁”；内阁票拟以后，本来章连同票签再放在本来的小匣里，由阁臣密封“某日某时某臣等谨封”，再由他亲身启封。
天子如此慎重，如许如临大敌，吴昌时要想躲过这场灾害已经不成能了。四月，崇祯天子再次在中左门平台上升堂断案，亲身审判吴昌时。
明朝的官僚向来相互撕咬不休，但很多人共同进犯一个郎中级的小臣的事件却极其少见。崇祯天子正在邪火上撞的时候，见到劾书上有同首辅勾搭把持朝政、与寺人暗通声气及泄漏奥妙等严峻内容，当即对这宗案件表示出病态的存眷。