以后，岛原藩主松仓重政当即窜改本来的政策，开端更加实施禁教令，为强迫领民放弃信奉，动用了水浸、火烤、站笼子、烫烙、挟手指、针刺、竹锯锯颈、木马压、浇硫黄热水等酷刑。
丰成秀吉身后，德川幕府第一任将军德川家康严禁家臣军人中信教者，凡事信教者视为背叛。
郑芝豹说道：“确切是真的！在我大明，公主香水因为工艺庞大、产量很小，根基是有价无市的！无数达官朱紫，也争相求购，以奉迎家里的女眷。”
这时候，幕府世人纷繁咬牙切齿的议论西人，彷如西方人是他们杀父仇敌普通。明显，德川幕府的统治阶层比中国人更信奉儒家学说，明朝还能容忍上帝教建立教堂在少数都会生长。这个年代的日本人倒是为保卫儒家的次序，过火的通盘否定西方思惟。
“郑大人远来是客，可惜我日本太小，无甚吃苦，只要请你喝酒，共同赏识歌舞！”德川家光浅笑道。
一系列的办法，大要上令岛原藩的上帝教活动，降落到了低潮，但是本色上，却令本地上帝教徒和农夫对于藩主和幕府的仇恨之心日增……
正在郑芝豹目不暇接时，一名舞女娇笑着撞入他度量中。郑芝豹惊诧一笑道：“好香！好美！”
这名海员偶然夸耀西班牙人的殖民手腕，使得丰成秀吉听闻后勃然大怒，更果断了其制止上帝教传播的动机，因为――任由上帝教不竭传播，日本乃至有能够成为西班牙人的殖民地！
这一道政策，是日本闭关锁国政策的序幕……
不准上帝教活动，是从丰成秀吉期间开端。1582年6月，当时的日本统治者丰臣秀吉公布的《布羽士摈除令》：“1、日本乃神国，决不答应上帝教国来传邪教！2、布羽士为使百姓信教，打碎神社佛阁，乃前所未闻！领主献日本国土于教会，乃法度不准！3、自本日起20天内，布羽士当即返国！4、商卖贸易船队不在此列。5、无毛病佛法者可自在进入日本。”
第二代将军德川秀忠，为显现对于制止上帝教的决计，1612年正法信教大名有马晴信。1614年将信教大名高山右近放逐马尼拉，逼迫教徒放弃宗教信奉。1622年在长崎公开处决55名布羽士和信徒，史称“元和大殉教”。
德川幕府期间。大量入口中国的产业品，用以满足日本权贵阶层的豪侈享用。别的，德川幕府制止日本海内制造500石以上的船只，禁止日本摸索外洋。