很快南都城里充满了燕王下达杀人的号令。建文四年六月廿五，朱棣诛杀齐泰、黄子澄、方孝孺，灭其族，翰林院侍讲方孝孺草拟圣旨，方孝孺说：”死即死耳，诏不成书。”朱棣厉声喝问：”你莫非不怕我灭你九族？”方孝孺说：”便诛十族何如！”言罢拾笔疾书几字，朱棣一看竟是”燕贼篡位”四字，他令人按住方孝孺，以刀抉其口两旁至双耳，投入狱中，接着把方孝孺以外祖父、外祖母、姨表兄弟、岳父、岳母、姑表兄弟、外甥、外孙、本族以及门生的家属，总计十族搜捕入狱，每捕一人便带给方孝孺看，以便在精力上折磨他。最后捕到八百七十三人，全数杀死。十族中被谪戍边的尚不知有多少。
殿门外一小我影正四周张望，看到杨荣等人走出来，却不见那年青人出来，微微皱了皱眉头，嘀咕道：“这年青人的身份实在可疑？”
朱高炽凄苦的一笑，见他神采哀伤，道：“好了，父王这不是没事么，你哭哭啼啼的成甚么模样，你但是太子，被人瞥见了也怕笑话？”
右副都御使茅风雅，曾写诗给朱棣的姐夫梅殷表示了和朱棣抗争到底的决计，朱棣即位后捕茅风雅至南京，连同茅子顺童、道秦、文生同时正法。
刑部尚书暴昭不平，朱棣先去其齿，次断手足，暴昭骂声犹不断，至断颈乃死。
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朱瞻基听得心头惊奇不已：“怪不得父王这些年对二叔如此谦让，便是朝中大臣多次上书言明二叔的犯警之事，父王也只是呵叱上书的大臣，昔日他总觉得父王是顾念兄弟之情，现在看来，父王早已推测二叔对本身不满，成心效仿郑庄公，”养成其恶”的手腕，好堵住悠悠之口……？”
左佥都御史景清，因被文帝任为北平参议，调查过燕王动静，谋刺朱棣未果，被抉其齿，但是他且抉且骂，含血喷了朱棣一身，朱棣令剥其皮，碎磔其骨肉于长安门外。