两边第一次大海战在福州府的海疆发作。
次日凌晨，施琅率先对镇海卫策动了总攻，大海战开端！
众商会惶恐失措，立即派人前来和施琅构和，表示他们情愿和方原、玄甲军做买卖，要求放背工押的商船、货色，另有贩子。
刘国轩端着酒杯，又放了下去，朗声说，“主帅，主将，我以为敌我差异太大，与其在这里送命，不如立即放弃镇海卫，将海军撤离到金门岛。然后趁着尼德兰人元气还未规复，攻打台湾岛以扼守。”
十月十五日，施琅的火炮母舰编队到达福州府海疆，终究遭受大将林习山所率郑军海军三百艘，连同尼德兰人快舰五十艘。
施琅海军的丧失也是惨痛，巨舰被击沉一艘，其他各型战舰被击沉九十艘，除了坚不成摧的火炮母舰，其他的战舰几近都颠末端烽火的残暴浸礼。
玄月二十五日，在方原出兵之前，施琅已先率五十艘战舰的火炮编队，另有一百艘各型战舰，从舟山群岛解缆南下。
刘国轩见二人早已意决，宁肯战死也不苟活，跪倒在地，大哭着说，“郑总兵还在仙霞关、二十八都军镇率军搏命抵当方原，我们怎能等闲言死啊！若我们都战死了，海军也拼光了，郑总兵要撤往台湾持续抵当，那里来的海军策应，那里来的海军设防啊！”
施琅迫于无法，只能采取一种耗损性的打法，就是一次性四十门火炮齐射，以火炮数量来压抑尼德兰人快船的航速。航速再快，能躲得过一炮，却躲不过四十门火炮齐射。
十月五日，攻打福宁州本地的福宁卫，一日破城，进福宁卫劫夺物质。五日内攻破本地的大金、定海两个千户所，斩杀郑军军士两千人，劫夺物质不计其数。
泉州港海战，施琅再次大胜，完整击溃了郑家，尼德兰人联军。但海军也丧失惨痛，所照顾的火药、铅弹也几近耗损殆尽。
而尼德兰人的丧失也很多，出战的五十艘战舰，被击沉了三十八艘战舰。尼德兰人的水兵主将普特斯曼当机立断的挑选逃离疆场，连福建本地也不敢再逗留，直接逃往了台湾岛。
施琅第一场海战大胜，俘获郑军战舰三十艘，海员两千人，便改编了这些俘虏的战舰、海员，持续攻打福州府。
十仲春旬日，施琅的舰队到达泉州港海疆，郑家的水兵主帅郑芝凤再次堆积了三百艘战舰，另有尼德兰人普特斯曼总督的五十艘战舰，筹办在泉州港与玄甲军海军一决雌雄！
一月十二日，两边第三场，也是最后一次大海战，在镇海卫、厦门岛交汇的海疆展开。