在“三清尊神”中，以太上老君呈现最早。东汉末五斗米道建立时，即以太上老君为至高神。至东晋上清、灵宝派出，其《上清》、《灵宝》经中，始接踵呈现元始天王、元始天尊、太上玉晨大道君、太上大道君等新的至高神。鉴于各派新呈现浩繁神灵，梁陶弘景《真灵位业图》，诡计予以体系化，此中“三清尊神”的雏形已根基建立。
另《业报经》《应化经》并云：“天尊曰：吾以道气，化育群方，从劫到劫，因时立化。吾以龙汉元年号无形天尊亦名天宝君，化在玉清境，说洞真经十二部以教天中九圣，大乘之道也……吾以延康元年号元始天尊亦名灵宝君，化在上清境，说洞玄经十二部以教天中九真，中乘之道也……吾以赤明之年号梵形天尊亦名神宝君，化在太清境，说洞神经十二部以教天中九仙，小乘之道也”。另有《元始上真众仙记》称：玄都玉京七宝山，在大罗之上，有上、中、下三宫。上宫是盘古真人元始天王，太元圣母所治。
别的，五代闽主供奉“三清”为宝皇大帝、天尊、老君。元始天尊居“三清尊神”之首，在宫观“三清殿”里居中。其名最早为元始天王，晋葛洪《枕中书》云：“昔二仪未分，溟涬鸿蒙，未有成形，六合日月未具，状如鸡子，浑沌玄黄，已有盘古真人，六合之精，自号元始天王。”固然道书中有将元始天王与元始天尊当作两位尊神，但正如宋朝羽士宁全真所说，元始天尊者“故称云元始天王者是也”。《云笈七签》卷一百一，撰列诸尊神传纪，亦首列《元始天王纪》，可见宋时已当作一名尊神了。
中宫太上真人，金阙老君所治。下宫九天真皇，三天真王所治。”这些分歧家数的分歧解释，虽有差别，但都促进了“三清尊神”的终究定型。唐《老君圣纪》称：“此即玉清境元始天尊，位在三十五天之上也，”
这类信奉是公元4世纪生长起来的，实在是一种哲学思惟的化身，是道家主张的宇宙论的体系反应。
在此前后，诸书在言及三清尊神时，又有各种分歧说法。如说：“道不成无师尊，教不成无宗主，故老君师太上玉晨大道君焉，大道君即元始天尊之弟子也。”“说经教主元始天尊，抱送玉帝道君（灵宝）天尊，流演圣教出世（品德）天尊”。“元始乃道中之祖为灵宝祖师，道君乃法中之祖为宗师，老君乃教中之祖为真师。”若从它们呈现之前后为序，先为“老君”，次为“元始”，后为“道君”。