另《业报经》《应化经》并云：“天尊曰：吾以道气，化育群方，从劫到劫，因时立化。吾以龙汉元年号无形天尊亦名天宝君，化在玉清境，说洞真经十二部以教天中九圣，大乘之道也……吾以延康元年号元始天尊亦名灵宝君，化在上清境，说洞玄经十二部以教天中九真，中乘之道也……吾以赤明之年号梵形天尊亦名神宝君，化在太清境，说洞神经十二部以教天中九仙，小乘之道也”。另有《元始上真众仙记》称：玄都玉京七宝山，在大罗之上，有上、中、下三宫。上宫是盘古真人元始天王，太元圣母所治。
“三清”之称始于六朝，开端仅指“三清境”。“三清”之作为玄门尊神，是伴跟着玄门三洞经籍说慢慢构成的。《玄门义枢》卷二云：“但知洞真法天宝君住玉清境，洞玄法灵宝君住上清境，洞神法神宝君住太清境。故《太彼苍元上录经》云：三清者，玉清、上清、太清也。”《九天生神章经》称：“天宝君者则大洞之尊神。
在“三清尊神”中，以太上老君呈现最早。东汉末五斗米道建立时，即以太上老君为至高神。至东晋上清、灵宝派出，其《上清》、《灵宝》经中，始接踵呈现元始天王、元始天尊、太上玉晨大道君、太上大道君等新的至高神。鉴于各派新呈现浩繁神灵，梁陶弘景《真灵位业图》，诡计予以体系化，此中“三清尊神”的雏形已根基建立。
注曰：‘天宝君玉清元始天尊也。’灵宝君者则洞玄之尊神，注曰：‘灵宝君上清天尊也。’神宝君者则洞神之尊神，注曰：‘神宝君太清天尊也。’但此“三宝尊神”开端并非“三清尊神”，按唐武宗时（841～846）的玄门神灵摆列，先为元始天尊，太上大道玉晨君，太上老君（即三清尊神），厥后为“玉清大有天宝君，上清妙玄灵宝君，太清太极神宝君三宝尊神”。
据《灵宝略纪》称：“太上大道君以开皇元年托胎于西方绿那玉国，名曰器度字上开元，及其长乃启悟道真，期心高道，坐于枯桑之下，精思百日。而元始天尊降落，授道君灵宝大乘之法十部妙经……元始乃与道君游履十方，宣布法缘，既毕，然后以法委付道君，则赐道君太上之号，道君即为广宣经箓，传乎万世。”又据《洞渊集》称：“玉晨道君者，乃大道之化身也。言其有不成以随迎，谓其无复存乎恍忽，以是不有而有，不无而无，视之无象，听之无声，于妙有妙无之间大道存焉。道君即审道之本，洞道之元，为道之气，即师事元始天尊，称受道弟子焉。犹是老君禀而师之矣！居上清真境禹余天中，降金科宝箓、三洞仙经，付经师郁罗翘真人，布道于万国焉！”上清、灵宝派新造作的太上道君，仍然以“道”为根，表现了玄门以“道”为最高信奉的思惟。后之灵宝天尊即由太上大道君衍化而来。