不过，到了这个阶段，不管是党争，还是打虎，实在都已经不首要了。旁的不说，永历朝廷之以是从广东肇庆流亡广西梧州，究其启事，便是尚可喜和耿继茂统领雄师超出了梅岭。
忠贞营退入广西的同时，堵胤锡也带领标营残部退入广西镇峡关，但却遭到了受人调拨的守将曹志建的攻杀，标营全军淹没，堵胤锡父子勉强逃出世天。比及堵胤锡入阁辅政，瞿式耜、李元胤等人又纠结了一批文官将何腾蛟丧师失地的罪名全数加在了其人的头上。
吴楚党争，大要是两党相争，实在际上在武将层面上是陈邦傅的西勋派与李成栋的东勋派这两广军阀之间在朝中的争权夺利，同时在文官的层面上，也是以堵胤锡、王化澄、朱天麟等主张借大顺军余部和大西军余部来抗击清军的文官与何腾蛟、瞿式耜之流还是秉承着阶层仇视态度的文官之间的态度之争。
南明弘光、隆武以及永历朝的最后几年，全凭堵胤锡带领忠贞营在湖广光复失地，与清军厮杀，明廷才气竭力保有此地。何如堵胤锡不过是总督罢了，督师何腾蛟主持湖广疆场大局，多次架空忠贞营及堵胤锡，导致湖广疆场情势每况愈下，终究全面废弛了湖泛博局。
但是跟着何腾蛟兵败身故，朝中马吉翔死力拉拢李成栋，广西方面陈邦傅与其相争，瞿式耜力单势孤，才通过袁彭年、刘湘客、金堡等人同归正来归的“东勋”连络起来，共同对于马吉翔、陈邦傅等原广西实权人物。
注3：忠贞营，高一功、李过、党守素、马重禧（改名马腾云）、张能、田虎、刘国昌、刘世俊等部；忠武营，马进忠、王进才、张光翠、牛万才等部；忠开营，于大海、李占春、袁韬、武大定、王光兴、王友进、王昌、王祥等部。
但是比及堵胤锡檄调忠贞营出师，又正赶上该营主将兴国公李赤忱因病归天，“军中新丧大帅”不便出师。到十一月，在堵胤锡再三要求下，只要忠贞营的淮侯刘国昌情愿率部跟从他出征。但是兵力孱羸，比及十一月二十六，堵胤锡心力交瘁，在浔州一病不起，终究郁郁而终。
对此，永历帝倒是对其委以重担，加升他为少傅兼太子太师、文渊阁大学士、吏部尚书兼兵部尚书“总督直省军务”，节制忠贞、忠武、忠开诸营兵马（注3）。但是在瞿式耜和李元胤这对两广实权派的钳制之下，堵胤锡五次请疏发饷，觉得开赴出征之费，最后朝廷却只给了戋戋三千两银子，还被李元胤带人抢走了。