汤若望早在刚担负钦天监监正一职时，便在北京宣武门内建立了一座欧式气势的宏伟教堂，观光的职员络绎不断。顺治十四年，顺治天子御笔亲书“通微佳境”，制成匾额吊挂于宣武门的上帝教堂，汤若望还把顺治帝御制碑文刻成石碑直立在教堂前面。这一行动即是默许了汤若望有自在布道的权力。究竟上，汤若望也常常操纵靠近天子的机遇向天子灌输基督教义，顺治天子也浏览了有关册本。因为汤若望的名誉，中国境内的布羽士都获得了庇护，入教的大众竟达上万人。
康熙三年秋到次年春季。朝廷公开审理此案，杨光先控告汤若望等人犯有三条大罪：诡计背叛、鼓吹邪教和传播弊端的天年学。耐久审判的成果是，汤若望和钦天监七位官员被判正法刑，各地布道土集合到北京接管审判。拆毁天下教堂。但在审判的最后关头，北京产生激烈地动，顺治帝的母亲孝庄太后直接干预此案，汤若望和仆人才被开释。五名中国官员仍被正法，不久汤若望病故，葬于利玛窦墓旁。集合到北京的二十五名布羽士被摈除出境。
有关谁担当皇位的决定，内臣奉孝庄太后意义扣问汤公，皇二子福全和皇三子玄烨哪一个继位较合适。汤若望对皇三子比较中意，因为他得过天花。这位玄烨，就是厥后的清圣祖康熙。
顺治帝很聪明，他每天都要看十多本书，并且，有过目不忘的本领。但是，因为过分劳累，竟然把他给累吐血了。
布羽士一方于康熙三年由利类思创作《天学传概》，先容上帝教的产生及在中国的传播汗青，辩驳杨光先的控告。文中过分夸大基督教义的崇高，激化了冲突。这时，汤若望中风病倒，由南怀仁代实在施公事。杨光先代表着反西方布羽士的一批人，包含儒士、回教徒等人，他们主动支撑杨光先，使这一案件越来越庞大。
汤若望获得清朝统治者极大的尊崇，在中国遭到如此礼遇的布羽士独此一人。多尔衮极尊敬他的定见，顺治的生母也因为汤若望治好了本身侄女即顺治天子将来皇后的病而感激之至。少年顺治天子听了太后和朝中大臣对这位西洋教士的表扬，天然产生信赖感，更因为顺治帝极强的求知欲，频频召汤若望进宫讲授天文学等天然科学知识，两人之间建立起超出平常君臣之间的干系。顺治帝称汤若望为“玛法”即满语爷爷，顺治八年一年以内，汤若望连升三次，从通议大夫、太仆寺卿到太常寺卿，官级从五品升到正三品。顺治十年(，赐给汤若望通微西席的尊号，职位相称于国师。顺治十五年，汤若望获赠光禄大夫的名誉头衔，官位升至正一品。不但如此，顺治帝还常常御驾汤若望府邸，长时候畅谈。这类做法被以为尊卑不分、有违礼教，激起了朝中大臣的不满。固然如此，汤若望仍借助与顺治天子的亲% 近干系，获得了高贵的职位和行动的自在。