刘裕复命毅为兖州刺史，光复江陵。时益州刺史毛璩，从白帝城引兵解缆，袭破汉中，得诛桓希。桓氏权势日蹙，惟荆襄尚为所据。桓振令桓蔚驻守襄阳，勉强过了残年。一交正月，南阳太守鲁宗之，起兵讨逆，掩入襄阳城。桓蔚走还江陵，刘毅并集各军，再攻马头。桓振挟安帝出屯江津，遣使求割江荆二州，然后归还天子。刘毅不准。振正欲拒战，不防鲁宗之杀入柞溪，击破振将桓楷，进驻纪南。振不得不还防宗之，留桓谦冯该卞范之守住江陵，监督安帝兄弟。谦令冯该堵截豫章口，为刘毅等所击败，再奔石城。毅等直至江陵城下，放火焚门，谦等弃城西遁。惟卞范之迟走一步，被晋军拦住，拿下处斩。随即毁灭余火，麾军入城。卞范之到此才死，总算桓氏的异姓忠臣。桓振到了纪南，杀退鲁宗之军，返救江陵，途中瞥见火起，料知城已被陷，部众崩溃，振无路可归，逃往涢川。安帝再得正位，改元义熙，复下赦诏，惟桓氏仍不得赦。前丰城公桓冲，有功王室，特赦免冲孙胤一人，徙居新安。进刘毅为冠军将军，统统行宫政令，悉归毅主持。授鲁宗之为雍州刺史，毛璩为征西将军，都督益梁秦凉宁五州军事。璩弟瑾为梁秦二州刺史，瑗为宁州刺史，遣建威将军刘怀肃，追剿桓氏余党，阵斩冯该。桓谦桓蔚桓楷何澹之等，都西奔后秦。
摆脱尘缨且挂冠，何如归隐尚堪安。
惟益州刺史征西将军毛璩，得了江陵再陷动静，集众三万，东出讨振。使弟瑗出外水，参军谯纵出涪江，偏蜀人不乐远征，多有牢骚，纵将侯晖，与巴西人阳昧联谋，逼纵为主。纵不敢接受，自投水中，又为晖等捞起，再三固请，胁纵登车，往攻秦梁二州刺史毛瑾。瑾在涪城，闻变调兵，一时无从调集，即被侯晖等堕入，把瑾杀死，遂推纵为梁秦二州刺史。毛璩行至略城，才知纵等为乱，仓猝赶还成都。亟使参军王琼，率三千人讨纵，又介弟瑗领兵四千，作为后应。琼至广汉，适值侯晖引众劝止，当由琼麾兵杀去，击毙晖众数十名，晖即引退。琼乘胜急追，瑗亦从后趋进，驰至绵竹，不料谯纵弟明子，奉了兄命，暗设两重伏兵，悄悄待着。琼堕入第一重伏中，尚然未觉，及深切第二重，前后胡哨高文，伏兵齐起，把琼困在垓心，琼冒死抵触，竟不得出。至毛瑗兵到，杀开血路，救琼出国，琼众已十死八九，就是毛瑗麾下，也战死了一半。瑗与琼奔还成都，侯晖谯明子等追至成都城下，日夕攻扑。益州营户李腾，潜开城门，引入外寇，毛璩及瑗，不及回避，均为所戕。侯晖谯明子，遂据住成都，迎纵为主。纵令从弟洪为益州刺史，明子为征东将军，领巴州刺史，使率部众五千，出屯白帝城，因而全蜀大乱，汉中空虚。氐帅仇池公杨盛，得遣兄子杨抚，乘虚袭据汉中，余地多归入谯氏。晋廷方搜捕桓氏余孽，不遑西顾，谯纵得安然为成都王，兼并一隅了。谯纵据蜀，不在十六国之列。且说晋安帝东还建康，留台诸官，诣阙待罪，有诏令一概复职，命琅琊王德文为大司马，武陵王遵为太保，刘裕为侍中，兼车骑将军，都督中外诸军事，领青徐二州刺史。刘毅为左将军，何无忌为右将军，分督扬州豫州诸军事。刘道规为辅国将军，督淮北诸军事。魏咏之为征虏将军，兼吴海内史。余官亦进职有差。惟刘裕固让不受，安帝还道他未足偿愿，优诏慰勉，再加裕录尚书事。裕又表辞，且恳请归藩。安帝复遣百僚敦劝，并亲幸裕第，面加劝谕，裕仍不受命，始终请调任外镇。用心可知。乃改授裕都督荆司梁益宁秦雍凉诸州军事，并前时扬徐等八州，分解十六州都督，驻守京口，裕始拜命而去。已将东晋江山，一大半归诸把握了。