汪士荣没想到周士相会特地咨询他的定见，甚是冲动。思虑半晌后提出了九字目标，即“杀一批，关一批，管一批，放一批。”
第二阶段为十月至来岁三月，届时由军帅府同一批示各地，集结驻军、府县村落保安队力量，集合力量打击匪贼、特工、汉奸及恶霸权势，定下包片包区卖力制，对卖力官员停止考核，同时在广东开端打消帮、派、社、道等构造。
张孝起他们当然不是聚众谋反，他们的诉求从一开端就明显白白，那就是请监国殿下将为绍武昭雪的奏章留中不发，同时惩办上此奏章的“佞幸小人”。自始至终，建议的官员没有一个有过谋反动机，但欲加上罪何患无辞。周士相以谋逆罪给此次监国行宫肇事案定了性。为了让谋逆罪坐实，管刑部的丁之相称人搬出大明律法，从中择摘十八条罪名以佐领张孝起等人聚众为图谋不轨。
第三阶段则是来岁三月今后，首要就是将广东所获得的经历向广西和湖南推行，将广东前两阶段的经历总结成册，好处要重点推行，不好的处所也要及时改进。所谓取其精华，去其糟粕。
唐王对周士相不经本身同意就杀人、抓人、关人的行动非常气愤，命首辅郭之奇拿他谕令命周士相放人。
当日，张孝起、马安民、王万达、郭天叙、秦荣、程邦俊等136名朝官被捕，另有378名流绅及落第未进学又未归乡的士子被捕，参与肇事百姓被捕者2650人。一时候，广州府的牢房爆满，乃至不得不将部分犯人关押在城外越秀大营。因军帅府严令，广州府不敢私放一人，使得府衙外犯人家眷哭嚎不已。
周士相听后，感觉这个别例和承平军在湘西剿匪的经历差未几，所辨别是这一次加上了城镇中的会道门和恶霸权势，并且第一次在承平军的军政体系中展开自查自清。
郭之奇走时，周士相命人将这些天来广州府统计出的有关打砸、掳掠等檀卷薄奉上，总计369桩，桩桩皆有苦主，桩桩皆论述清楚，内里不乏苦主为牢中待罪之人。又取特别卷，为所捕犯人自供通鞑反叛，欲使广州内哄，借此反对唐王监国，觉得大清之助供词。另有参与肇事地主士绅畴前为清廷卖力着力事迹，都是各地详加察明，快马递呈广州。白纸黑字，又有乡邻作证，更有畴前受害乡民状纸，当真是铁证如山。
“本日臣的话，殿下信也罢不信也罢；臣本日所为之事，殿下以为是功也罢罪也罢，且请记在臣的账上。他日待臣灭了鞑虏，光复我大明社稷，尽将我汉家父老百姓出了水火以后，殿下便以本日的事情诛杀了臣，臣也毫不喊一个冤字！”