东汉的处所官制，仍因循西汉旧制，分封王、侯与州、郡、县双轨並置。东汉的行政辨别为郡（国）、省二级。郡之上另有监察区性子的州。
东汉有郡国105个，除司隶所部七郡外，有王国27个，列郡71个。此中豫州部郡国6，冀州部9，兖州部8，徐州部5，并州部9，幽州部11，青州部6，荆州部7，扬州部6，益州部12，凉州部12，交州部9。
西汉有郡都尉，比二千石，治郡兵，备盗贼，据《后汉书?百官志》载：“建武六年（公元30年），省诸郡都尉，並职太守。”东汉以郡都尉并于太守，可见东汉太守不但听郡政，並且典郡兵了。以是东汉的太守又称“郡将”。但在边郡常常置都尉或属都城尉，且有分县，掌治其民，比于小郡。如和帝永元元年（公元89年），置西河，上郡属都城尉。十五年（公元105年）又置辽东西部都尉。安帝以西羌数犯三辅，复置右扶风都尉、京兆虎牙都尉。
《百官志》又云：“列侯所食县为侯国……功大者食县，小者食乡、亭。”侯国置相1人，如县令长，不臣于侯，但须纳租于侯，以户数为限。食封千户以上者，置家丞、庶子各1人，不满千户者，不置家丞。县侯、乡侯、亭侯之封，为东汉所创设，但东汉侯王不过徒拥虚号，权力已远远不如西汉了。其所属封国的政治，皆由中心所派之傅相主持，而所谓贵爵傅相实在就是中心调派的处所官。
县以下为乡，大率十里为乡。乡置有秩、啬夫、三老游徼。凡大乡，由郡任命有秩1人，秩百石。小乡，由县任命啬夫1人。皆主一乡之事，体味官方善恶，定其徭役前后。体味官方贫富，定其赋税多少。三老掌教养，凡忠孝节义，足为法度者，皆旌表其门，以倡导从善去恶。游徼掌梭巡，制止奸盗。又有乡佐，主收赋税。
顺帝时，中常侍王甫、曹节弄权，太尉段颎谗附佞幸。当时阳球为司隶校尉，奏请收执王甫和段颎，送洛阳狱，阳球亲身拷问。王甫父子皆死杖下，段颎他杀。李膺当司隶校尉，中常侍张让之弟张朔为野王县令，贪残无道，枉杀妊妇，闻膺到任，藏于张让室第合柱中，李膺亲率处置破柱取朔，即杀之于洛阳狱。当此之时，诸黄门常侍休沐（假日），不敢擅出宫。桓帝问其故，皆说怕李校尉。司隶校尉能列席中心的“廷议”，並且他的坐位在九卿之上。
《后汉书?宣秉传》云：光武特诏御史中丞（宣秉）与司隶校尉、尚书令会同並专席而坐，故京师号曰“三独坐”。